クラスファイルの不整合

antでクラスファイルを消去してビルドしなおすと、頻繁に

クラス・ファイルは書き込まれませんでした。 プロジェクトが不整合の可能性があります。その場合は、プロジェクトを更新してからビルドしてください

と出る。
いろいろ試したけど直し方が良くわからなくて、クラスの参照関係を逆にたどって、ソースにちょっと変更かけて再保存すると直るのでそうしてる。激しく面倒くさい。
プロジェクトが小さいうちはこれでもやれるけど、クラスファイルが増えたらそうはいかない。なんかうまい方法、というかこの状態にならない方法はないものか。ant使うのがいけないのかな…
追記：
単にantビルドするだけでもなるみたいだ。。。orz
さらに追記：
Tomcat Pluginが臭い。プロジェクト内にJSP作業ディレクトリを作成しないようにしたら出なくなった。